EduFutura-johtoryhmän tehtävänä on mm. seurata koulutus- ja tiedepoliittista kehitystä, määrittää EduFutura-yhteistyölle strategisia tavoitteita, vahvistaa talousarvio ja koordinoida osallistumista laajoihin hankkeisiin. 

EduFutura-johtoryhmän puheenjohtajuus vaihtuu vuosittain. Vuonna 2021 puheenjohtajuus on Jyväskylän yliopistolla. Opiskelijaedustus vaihtuu vuosittain Jyväskylän yliopiston ylioppilaskunta JYY:n ja opiskelijakunta JAMKOn välillä. Vuonna 2021 varsinainen edustaja on Petri Laaksonen, JYY:n puheenjohtaja.

EduFutura-johtoryhmän jäsenet:

• Rehtori Keijo Hämäläinen, Jyväskylän yliopisto, puheenjohtaja
• Rehtori Jussi Halttunen, Jyväskylän ammattikorkeakoulu
• Koulutuspalvelujohtaja Mari Ikonen, Jyväskylän yliopisto
• Koulutuksen kehittämispäällikkö Hannu Ikonen, JAMK
• Rehtori Pirjo Kauhanen, Jyväskylän koulutuskuntayhtymä Gradia
• Vararehtori Marja-Leena Laakso, Jyväskylän yliopisto
• Petri Laaksonen, Opiskelijakuntien edustaja JYY
• Vararehtori Heikki Malinen, Jyväskylän ammattikorkeakoulu
• Kehittämisjohtaja Jarkko Pirkkalainen, Jyväskylän yliopisto
• va. tulosaluejohtaja Osmo Polas, Jyväskylän koulutukuntayhtymä Gradia
• Johtaja Vesa Saarikoski, Jyväskylän koulutuskuntayhtymä Gradia
• Hallintojohtaja Mikko Salminen, Jyväskylän ammattikorkeakoulu
• Talous- ja palvelujohtaja Päivi Seppä, Jyväskylän yliopisto
• Kehitysjohtaja Anu Tokila, Jyväskylän koulutuskuntayhtymä Gradia